《安徽中医药大学学报》（原名《安徽中医学院学报》）是由安徽省教育厅主管、安徽中医药大学主办的综合性中医药学术期刊。国内统一刊号：34-1324/R；国际标准连续出版物号：ISSN 2095-7246。本刊创刊于1981年12月。试刊2期后，于1982年5月25日经中共安徽省委宣传部批准[皖宣字（1982）022号]成为正式刊物，国内公开发行；1987年改为国内外公开发行。1981－1995年为季刊（每季末月20日出版）；自1996年起改为双月刊（双月1日出版），64页；自2009年第4期页码增加至80页；自2010年第1期内文彩图随文彩色印刷；2011年12底本刊网站开通运行；2012年第4期页码增加至96页；2013年11月12日，经国家新闻出版广电总局同意（新出审字[2013]1414号），由《安徽中医学院学报》更名为《安徽中医药大学学报》。‍‍‍
本刊坚持“以提高为主，注重实用，立足安徽，面向全国”的办刊方针，内容上突出中医药特色并体现安徽地方特色。经过对栏目不断调整，目前基本固定的有理论研究、文献研究、新安医学研究、临床研究、临床经验、针灸经络、实验研究、方药研究、教学研究、综述等。其中，新安医学研究等栏目在全国独具特色，深受广大读者欢迎。‍‍
本刊作为安徽中医药大学学术交流的窗口，在反映本校、本省中医药科研、医疗、教学成果与经验，促进校内外、省内外、国内外中医药学术交流，促进中医药科研成果转化为生产力，培养和造就中医药人才等方面，均起到了积极作用。‍‍
本刊得到上级主管部门多次表彰和奖励：1989年获全省高校自然科学学报三等奖；1990年获全国高等医药院校学报二等奖；1995年获全国高校优秀自然科学学报三等奖，全省高校优秀自然科学学报二等奖，全省优秀科技期刊三等奖；1998年获全省优秀科技期刊二等奖；1999年获全国优秀高校自然科学学报三等奖，全省高校优秀学报一等奖；2002年获安徽省优秀科技期刊三等奖；2004年获中国高等学校自然科学学报二等奖和安徽省高等学校自然科学学报二等奖；2005年获安徽省优秀科技期刊二等奖；2008年获第二届中国高校优秀科技期刊奖；2009年获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖和安徽省高校优秀学报二等奖；2011年本刊编辑部获“中国高校科技期刊优秀团队”称号；2012年获第四届中国高校优秀科技期刊奖；2013年获第二届中国高校优秀科技期刊网站奖及安徽省优秀科技期刊奖。另外，本刊编辑人员曾多次受到国家教育部、卫生部、新闻出版总署，省科技厅、教育厅的表彰和奖励。‍‍
本刊连续被中国科学技术信息研究所列为《中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）》，并被《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》《中国期刊全文数据库（CJFD）》《中国核心期刊（遴选）数据库》《中国生物医学文献服务系统（SinoMed）》及美国《化学文摘》等数据库收录。‍‍