《沈阳药科大学学报》1987年被国家科委批准为国家级刊物，现已被美国化学文摘（CA）、俄罗斯文摘杂志（AJ）、日本科学技术社数据库、中国药学文摘等文摘性杂志所收录。是《中国学术期刊综合评价数据库》等数据库来源期刊，国家科技部中国科技论文统计源期刊，《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊，第五版《中文核心期刊要目总揽》核心期刊（2008年版）。在最近两次教育部科技司举办的全国高校科技期刊评比活动中，本刊连续两次获奖（一次一等奖，一次优秀期刊）；连续几年辽宁省一级期刊。  《沈阳药科大学学报》被北大1992版核心期刊、北大1996版核心期刊、北大2000版核心期刊、北大2004版核心期刊、北大2008版核心期刊，皇家化学学会系统列文摘收录。