《复旦学报（医学版）》是由中华人民共和国教育部主管、复旦大学主办的向国内外公开发行的综合性医药卫生类学术性核心期刊。其前身是《上海医科大学学报》，创刊于1956年6月。主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文，栏目形式多样，包括述评、论著、实验研究报道、临床经验交流、方法技术、临床病理（例）讨论、讲座、综述、短篇报道、个案报告等。

本刊被下列国内外权威数据库收录：波兰《哥白尼索引》（Index of Copurnicus，IC）；荷兰爱思唯尔公司《斯高帕斯数据库》（Scopus）；美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory，Ulrich PD）；美国《生物学文摘（预评）》（BIOSIS Previews， BAP）；美国《化学文摘》（Chemical Abstracts， CA）；美国《剑桥科学文摘》（ProQuest CSA）；WHO西太平洋地区医学索引（The Western Pacific Region Index Medicus，WPRIM）；中国科学引文数据库（CSCD）核心库；中国科技论文与引文数据库；中国期刊全文数据库；中文科技期刊数据库；万方数据资源系统；中文核心期刊要目总览等。

《复旦学报（医学版）》2008年第二届中国高校优秀科技期刊奖；2010年第三届中国高校精品科技期刊。