《南京医科大学学报-自然科学版》是中国综合医药卫生类核心期刊，2001年进入国家期刊方阵，为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊，是经国家药监局批准的可发布综合类处方药广告的期刊之一。本刊创办于1956年，其前身是《苏医学报》、《南京医学院学报》，1996年随校名更改为《南京医科大学学报》。

本刊接受全国各医药高等院校及医院教学、医疗、科研人员在基础医学、临床医学、预防医学方面的论著、科研简报、技术方法、经验交流、短篇报道、病例报告等。凡国家、省基金资助项目或获奖成果论文，经审稿通过后将优先发表。本刊以促进校内外的学术交流为宗旨，为提高我校的教学、科研水平和人才培养服务，为科教兴国、科教兴省的战略决策服务。本刊也欢迎海外校友、学者来稿。

在国际上，《南京医科大学学报-自然科学版》业已被美国《化学文摘》(CA)、美国《生物学文摘》(BA)、俄罗斯《期刊索引》(AJ)等著名检索工具收录。在国内，中国科技论文与引文数据库、中国科技期刊引证报告、中国科学技术期刊文摘(CSTA)数据库(英文版)、中国学术期刊(光盘版)全文检索系统、《中国生物学文摘》、《中国药学文摘》、《中国医学文摘》等16种检索类刊物均将我刊作为主要引用源之一。