《河海大学学报（自然科学版）》创办于1957年，双月刊，每逢单月25日出版，是以水资源开发、利用与保护为重点的综合性学术期刊。近年来已多次荣获“中国期刊方阵‘双效期刊’”、“中国高校精品科技期刊”、“全国水利系统优秀期刊”和“江苏省优秀期刊”等诸多奖项。

《河海大学学报（自然科学版）》主要刊登河海大学在水资源、水文、水利水电工程、水运工程、海洋及海岸工程、环境科学工程、水力学及河流动力学、水工结构、岩土工程、工程力学等学科的最新科研成果与学术论文，也刊登国内其他高校及研究机构相关学科具有较高学术水平的优秀论文。主要栏目有水文水资源与环境、土木工程、水利水电工程、港口航道与海洋工程、机电与信息工程等。本刊的主要读者对象为与上述学科有关的科研人员、教学人员、工程技术人员以及相关专业研究生。

《河海大学学报（自然科学版）》聘请了海内外水科学与水技术领域的著名专家、中国工程院院士、中国科学院的院士担任本刊顾问或编委。本刊入编的数据库和文摘有：荷兰Scopus数据库、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、波兰《哥白尼索引》(IC)、中国科学引文数据库(核心库)（CSCD）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国科技论文统计与分析数据库、中国学术期刊文摘、中国力学文摘、中国物理文摘、中国数学文摘、中国地理科学文摘、水路运输文摘等。获奖情况：全国优秀高校自然科学学报二等奖；全国水利系统优秀期刊；江苏省优秀期刊；中国期刊方阵“双效期刊”；中国高校精品科技期刊；2012年第四届中国高校优秀科技期刊奖；2013年首届江苏省新闻出版政府奖提名奖。